根据方案要求，各级各类经卫生行政部门批准开展助产技术服务的医疗保健机构，应对本机构出生的活产新生儿按规定及要求做好新生儿疾病筛查工作。免费筛查的项目包括苯丙酮尿症（PKU）、先天性甲状腺功能减低症（CH）和听力筛查。
目前，云南省《新生儿疾病筛查实施方案》也将全面推开，以各县（市、区）年度活产数为基数，今年新生儿遗传代谢疾病筛查率达到40%，听力筛查率达到30%；2015年，新生儿遗传代谢疾病筛查率达到60%，听力筛查率达到50%。
筛查经费的资金来源，由国家实施基本公共卫生服务经费中列支。费用标准为新生儿遗传代谢疾病筛查50.00元/例，其中：实验室检测39元/例，采血及健康咨询8元/例，血片收集转送和信息管理3元/例。听力筛查及健康咨询7.50元/例。
县(市、区)妇幼保健机构按月汇总辖区内各机构的筛查数，并将结果上报所在县(市、区)卫生行政部门，由县(市、区)卫生部门审核后，向县级财政部门提出申请，县级财政部门按完成的任务数和费用标准将筛查工作经费及时拨付县(市、区)妇幼保健机构。县(市、区)妇幼保健机构按照血片采集、血片收集转送和信息管理、实验室检测、听力筛查等费用标准，向承担筛查工作的机构以购买服务的方式支付费用。支付费用时，应附各机构的相关票据。各级卫生行政和财政部门负责该资金的监管，确保新生儿疾病筛查资金专款专用、安全有效。
【筛查流程】
1.对在助产机构出生的活产新生儿监护人进行新生儿疾病筛查告知；
2.监护人填写《云南省新生儿疾病筛查知情同意书》，医务人员对婴儿进行血样标本的采集，送筛查中心或分中心检测，同时对新生儿进行第一次听力筛查；
3.对筛查结果可疑阳性者进行复查；之后对确认阳性者追踪治疗和随访。
【治疗费用】
1.农村户籍的，当年出生未参加新农合、筛查确诊的患儿，其就医费用随母亲纳入新农合报销范围，按照新农合有关报销规定进行报销；
2.城镇户籍的，新生儿出生后3个月内参加城镇居民基本医疗保险的，其出生后的住院医疗费，按照城镇居民医疗保险有关规定给予报销；
3.对于贫困患儿家庭，各地应考虑多渠道给予生活、治疗方面的救助，以保证筛查后的治疗，降低致残率。
【筛查地点】
云南省新生儿疾病筛查中心及分中心
一、新生儿遗传代谢性疾病筛查中心（4家）
云南省第一人民医院、昆医附一院、云南省妇幼保健院、成都军区昆明总医院
二、新生儿遗传代谢性疾病筛查分中心（3家）
昆明市妇幼保健院、昆明市儿童医院、玉溪市妇幼保健院
三、新生儿听力障碍诊断中心（3家）
云南省第一人民医院、昆医附一院、昆明市儿童医院
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