1910年埃尔利希发明阿斯凡纳明算起，到2005年，抗生素家族成员已经增加到133个，它们都为人类征服疾病做出了巨大的贡献。然而随着人们越来越广泛地使用抗生素，抗生素抗生素所带来的危害也不少。
第一是药品本身的不良反应
抗生素进入人体之后，发挥治疗作用的同时，也会引起不良反应，药物越多，引起不良反应的机会就越高。抗生素的种类比较多，引起的不良反应或者是严重的不良反应涉及身体的每一个系统。例如，
四环素牙：大量使用会造成肝脏损害，儿童长期使用还会影响牙齿和骨骼的发育等等。
药物性肾损害：青霉素、新霉素、多粘菌素已磺胺类可能引起元尿或少尿；头孢菌素、两性霉素可能引起肾小管或肾乳头坏死；链霉素、卡那霉素、庆大霉素等可能引起肾毒性反应，如蛋白尿、血尿。对中老年人及原有肾功能减退的人，更要小心用药。
导致聋哑儿童：庆大霉素、丁胺卡那霉素等可能损害儿童听力发育，有报道称，我国7岁以下儿童因为不合理使用抗生素造成耳聋的数量多达30万，占总体聋哑儿童的比例高达30%-40%。
第二是会使细菌产生耐药性
当药物作用于细菌时，细菌会自卫、防御、反击，最后的结果就是对抗生素产生抵抗力，也就是产生了耐药性。如果我们滥用抗生素，有那么一天，环境中存在的致病菌有可能都是耐药的，人体感染的都是耐药菌。细菌产生耐药性的速度远远快于我们新药开发的速度，结果是人类将重新面临很多感染性疾病的威胁。
比如结核病是结核杆菌引起的传染病，很多年前结核杆菌对抗生素很敏感，结核病控制得非常好，但是，现在耐药的结核菌多了，治疗起来非常棘手，这不但引起人体死亡率的增加，同时也增加了治疗成本，造成严重的社会负担。
第三是引起菌群失调，二重感染
在我们人体的开放部位，比如皮肤上、肠道中、鼻咽部等，存在着许多不同种类的细菌，在正常情况下，相互制约处于一个平衡状态，人体对这种状态是适应的，不会发生疾病，但当长期使用某种抗生素后，其中的某类细菌被杀死，而另外的细菌在没有制约的情况下，就会大量繁殖，生长，引起人体的感染，这种感染也叫二重感染。
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